Zeitlich war das wie erwartet locker drin, nur leider klappte das mit dem Inline aufgrund der Funktion sort() nicht, da diese das zu sortierende Array als Referenz verarbeitet.

Kleine Spielerei aber vielleicht braucht ja mal jemand den Schipsel.

<?php
$file = 'pfad/zur/datei.csv';
$lines = file($file);
sort($lines);
file_put_contents($file, implode('', $lines));

Einmal ausgeführt und aus

"test","test"
"bla","blubber"
"apfel","apfel"

wird

"apfel","apfel"
"bla","blubber"
"test","test"